El libro sigue fundamentalmente el orden del mismo EvJn. El primer capítulo se ocupa del Prólogo (Jn 1,1-18). Esta peculiar pieza literaria es un himno a Jesús que canta y da gracias por la acción plenificante de Aquel que es la Palabra de Dios y el único que da a conocer a Dios. En segundo lugar, se presentan los fragmentos narrativos y los tensos debates entre Jesús y los judíos (Jn 1,19 – 12,50). Este capítulo apunta a una estructura teológica como objetivo de la presentación de tales gestos y palabras. El capítulo tercero quiere dejar en claro que el medio cultural que realmente ayuda a comprender el EvJn no es el estoicismo, ni la gran religión del helenismo (Hermes), ni los movimientos gnósticos incipientes: el medio cultural que da la clave del EvJn es el judaísmo. Los dos últimos capítulos se ocupan de la despedida de Jesús (Jn 13,1 – 17,26) y del relato de la exaltación (Jn 18,1 – 20,31) y pretenden mostrar cómo el paso de Jesús al Padre (lo que el EvJn llama la exaltación de Jesús) es también un paso para los discípulos, que han de percibir la nueva presencia de Jesús, una presencia distinta, a través de la fe en el resucitado-exaltado. «La hora» de la muerte de Jesús es ya «la hora» de la glorificación. La cruz no es un patíbulo, sino un trono. En la cruz, Jesús no solo ha transformado la humillación en gloria; también ha convertido la muerte en vida.
